基层治理是国家治理的基础，基层党建则是基层治理的龙头工程，要通过基层党建引领基层治理。通过推进基层党建工作创新，逐步实现基层党建的科学化、制度化、规范化。在这样一个过程中，要注意克服基层党建创新中的几个问题。
　　笔者认为要避免基层党建的“碎片化”。十八届三中全会强调，要注重改革的系统性、整体性、协同性。新时期的基层党建创新，也是一场基层改革，必须要有统领性、整体性的部署，才能有效引领整个区域内的基层治理。但是，当前基层党建创新工作仍然存在“碎片化”现象。很多基层注重局部创新，整体的系统性和综合性不够；很多把旧的做法和想法进行重新包装，加入一些“新概念”、“新理念”也不过是倒旧酒入新瓶、换汤不换药，缺少实质性的提升。
　　避免基层党建创新的“违法化”。基层党建领域存在着一些误区，有的认为“搞创新，就是要适当突破法律限制”；有的认为“搞创新，就是要胆子大求新意有实效”，刻意追求新意，但却游离了法治轨道。例如，当前全国基层都在推广乡规民约，村级党组织和村委会在指导制订乡规民约时，考虑到如果没有强有力的制约机制，乡规民约容易变成“挂在墙上，写在纸上”的摆设。因此，想方设法“创新”处罚方法，有的规定“若违反乡规民约，处罚款XX元”；有的规定“若越级信访，不给办计生证，取消宅基地指标”，等等。这些“违法创新”的行为，虽然具有一定实效，但却挑战了法制的权威，违背“推进基层治理法治化”的要求。