1。 关于曲阜孔姓Y单倍群的共祖年龄
　　2016年2月《人类学学报》发表侯伟光等《曲阜地区孔姓群人群17个Y STR基因做遗传多样性分析》文章，作者对曲阜地区孔姓人群1118个例进行血样检验和数据分析。曲阜市是山东济宁市下辖的一个县级市。
　　（济宁和曲阜地图）
　　测试结果表明，C3和Q1a1两种父系单倍型都有着明显的单中心扩散结构，说明分别是从一个较近的祖先繁衍下来的。
　　最近，复旦严实博士在源基因客服群中突然说：
　　1。曲阜孔氏中Cα共祖最早在唐代
　　2。蒙古达延汗属于Cα下面的M407加
　　3。土家族不少人也是Cα
　　所谓的C3南支，又被严实称为Cα。严实是根据什么得到“曲阜孔氏Cα共祖最早到唐代”结论，不得而知，但是其后又紧接有关于蒙古达延汗和土家族不少人也属于Cα的表述。因此这里严实理当是根据基因测试数据计算而来而并非所谓家谱（曲阜孔氏家谱记载有3000年时间的可信世系）。严实所表达的意思很含蓄，其实这些信息对于有足够知识背景和理解能力的人来说，已经十分清晰。
　　在侯伟光等论文中，也给出了曲阜孔姓C3和Q1a1两类高频父系单倍群的网络结构分析图：
　　从图上看，C3 M217类聚确实比Q1a1 M210更呈现晚近聚合。根据某论坛一个ID的计算，确实曲阜孔姓M120较M217要分散些，更符合共祖时间在孔子年代。而曲阜孔姓M217共祖时间更晚，接近孔仁玉所在五代十国时间。至于这个推算是否可靠，可另当别论，此处仅提供一种参考。
　　根据侯伟光论文中17个Y STR基因座多态性数据分析，曲阜孔氏Q1a1样本中的DYS385ab多态性和样本分散性确实也比C3更高。
　　网络上经常可见孔姓C3活跃，但一直未见有孔姓Q在网上出现发言。一些蒙满系的人和孔C3有些人，对此有很多不同意见，热爱孔子当然没有错，但孔子到底是何Y类型，这是需要用科学证据加以证明的。感情用事，于事无补。
　　2。 Q1a1和C3进入中原时间
　　根据王冰等人表述认为，在中原地区还一直未发现秦汉之前的C3系古DNA。然而，3000年前山西南部绛县横水北倗国大墓已经发现大量Q1a1古DNA样本，并且倗伯类型也得到测试为Q1a1， 倗国也被许多学者认为与殷商遗留族群有关。因此可证明Q1a1进入中原时间不晚于3000年前。吉林大学赵永斌等认为汉族是从3000年前Q1a1进入中原开始形成的。所以从古DNA证据上看，也支持孔子为Q1a1的可靠性更高。
　　目前在中原地区发现最早的属于Cα的古DNA是在山东临沂洗砚池晋墓测试得到的。根据发表于《文物》上的考古报告，该墓年代在西晋末年到东晋初年，正是五胡乱华时期或永嘉之乱之后。五胡乱华的时间一般从西晋灭亡（316年）开始算起，一直到鲜卑北魏统一北方（439年）。有的学者也称之为“永嘉之乱”、“中原陆沉”、“中原沦陷”等。这一时期，历史学家普遍认为是汉民族的一场灾难。581年隋文帝杨坚建立隋朝，589年灭陈朝，方使中国结束了300年的动乱和分治。东晋建立时，中原已沦丧于胡人之手。中原汉族在祖逖、桓温等名将的带领下绝地反击，终因寡不敌众而失败。迁居南方的爱国将士每每以北伐中原、收复失土为己任。东晋与五胡的战争，十六国之间的厮杀，使得这一时期战乱连连。河淮地区为南北交战的主战场。
　　（五胡乱华形势图）
　　据晋朝时期的“晋·江统〈徙戎论〉”，五胡乱华之前，北方迁入中原的胡人已高达数百万，很多地方超过了当地汉人人口。 五胡乱华时，又有大量的西北诸胡和北方的鲜卑迁入中原。《晋纪》《晋书》记录当时永嘉丧乱，中原士族十不存一。史家谓永嘉之乱为中国历史上巨大的风暴。在此以前，中国本部的空间，全以汉民族活动为中心。但自怀、愍二帝被掳北去，晋室南渡后，北方便成为胡族活动的大舞台。西晋中后期八王之乱，加以天灾连年，胡人遂乘时入侵。自匈奴刘氏兴起，五胡便展开连串的建国运动，彼此混战不休，令中原人民流离失所，死伤无数。加上战争阻碍生产，使开发近千年的中原沦为白骨蔽野之地。此亦为异族首次成功入主中原。永嘉五年（公元311年），刘渊子刘聪遣石勒、王弥、刘曜等率军攻晋，在平城（今河南鹿邑西南）歼灭十万晋军，又杀太尉王衍及诸王公。旋攻入京师洛阳，俘获怀帝，杀王公士民三万余人。永嘉之乱后，晋朝统治集团南迁，定都建康（今南京）建立东晋，史称衣冠南渡。复旦历史学者葛剑雄认为，由于五胡十六国时期的人口损失仅比东汉末年小一些，谷底时期大约仅剩下三成多的人口。东晋建立后，汉民为躲避胡人残暴统治，以免战火和屠杀，纷纷大量地南迁。这一时期共有六次南迁高潮，累计迁入过百万，东晋因而设置了许多侨郡侨县以安置北方流民。
　　（五胡乱华时北方汉人南迁）
　　洗砚池晋墓因为没有墓主身份证明，所以对墓主身份颇有争议。但该墓年代是西晋末，东晋初年。此时正是经历永嘉之乱后，中原士族十不存一。汉人衣冠南渡后，山东已不在东晋版图内。此时山东还有如此“豪墓”，可想而知是属于中原豪族还是胡人墓葬的可能性，哪个更大呢？根据《文物》上考古报告，洗砚池晋墓出土了气宇轩扬的胡人瓷器像。此时正是胡汉矛盾加深，汉人被迫南迁时候，墓葬中还能出现如此胡人像，说明此墓属于胡人的可能性更高。
　　（洗砚池晋墓出土文物 胡人骑兽像）
　　3。 Y C3族群与北方民族关系
　　现在已有的大量证据，可以证明C3系族群与北方民族于历史时期在东亚大陆扩张存在千丝万缕的联系。因为C3南支主要人口存在于中国境内，有些人根据此点就认为C3南支属于史前扩散。但这在逻辑上是站不脚的。因为：
　　（1）Y单倍群分离时间不能等同于族群扩张分散时间。这也是王冰同学反复强调的。这也是有大量示例证明的。比如雅利安人R1系单倍群分离时间就远远早于其族群在4000年前才开始的地理大扩张并产生单倍群地理分离时间。其原理和逻辑很简单：族群在地理扩散分离后，可能原有族群中的某些个人在不同新的地域取得主导地位，而使得他的Y在富饶新地域获得快速繁殖，大比例超过原来同一族群中的其他Y支系。比如蒙古国迄今只有300多万人，而中国大陆从南宋末几千万人已经发展到现在的13多亿人。不同地域的主导人未必来自于原有族群早就分化开的同一单倍群，这样就显示了晚近地理扩张的不同Y单倍群优势分布，比如R1a和R1b的不同地域优势分布。另外，相近单倍群分支大多来自于较近家族，也更容易聚一起一同扩张。
　　（2）前面已说到，所谓C3南支属于史前扩散也没有得到古DNA证据支持。在3000多年前的辽西和战国时代晚期的内蒙古大堡山墓地见到C3系古DNA。这些古DNA也与北方民族形成有关。比如大堡山墓地古DNA代表的人群被认为可能也参与了匈奴族群的形成。而辽西古DNA代表的人群则是东胡系族群形成的主要源头。
　　（3）洗砚池晋墓发现C3系，这也与五胡第一次进入中原时间吻合。这个墓的意义只能证明，第一批进入中原的C3系族群，很可能是伴随五胡系北方民族第一次入主中原时而进入中原。在此后的历史时期，还有鲜卑、女真金人、蒙古人、满人等几次部分或全部占领殖民中国，也因此C3系族群也扩张到整个东亚。无疑C3系族群是晚近历史时期在亚洲扩张较为成功的Y单倍群之一。C3系曾经被复旦李辉和部分Y O系网民定性并加以歧视为“老亚洲”、“棕色人种”、“失败民族“等，并在东亚大陆被神勇的Y O系祖先进行种族灭绝了，但由于现在数据表明汉族中C3系男性人口可能占到10左右，有的人也开始“优越感”爆棚，也学部分O3系网民模样，开始歧视人口相对较少Y单倍群族群，动辄侮辱其他Y单倍群为劣等Y，声称被他们O3和C3所屠杀（O3和C3也是蒙古族人最主要两种Y单倍群）。对于汉族人来说，不得不承认的一个事实是，汉族确实曾经被北方民族反复多次屠杀与殖民过，这是汉民族之殇。
　　（4）汉族中也同样存在不少的所谓C3北支样本，也包括原来被认为是属于蒙古黄金家族的C3 M48。北元达延汗也属于C3南支，蒙古族也存在不少C3南支样本。所以所谓C3南北支并不是绝对的，而是互为混杂的，只不过是优势单倍群分支有差异而已。
　　分子人类学是一门新兴学科，很多基础逻辑性东西，尤其是关于迁徙扩张模型等，都还没有搞清楚。复旦有些专家思维其实与很多民科很相似，在许多基础逻辑思维上，并没有给出严谨的证明，而是发挥想当然或者基于他们自己本身Y立场进行无根据的臆测，而他们的臆测又往往被不懂分子人类学的人奉若圭皋。另外个别复旦专家和很多民科，也在刻意否认北方民族曾经大规模入主中原、融入汉族的历史。这显然是不尊重历史事实的Y唯心主义观点。如果某些专家基于自己Y立场，而可以篡改历史事实，这显然不是一个合格的研究者。
　　下图是根据某23鬼方机构抄袭YFULL网站而给出的Y Cα树主要分支情况。由于蒙古人征伐范围很广，对其他民族屠杀与取代最为剧烈，因此C3系更大规模扩张与某些O3系支系一样，或与北方民族或蒙古人扩张存在更紧密联系。
　　根据以上科学证据：共祖时间年龄、古DNA证据、单倍群关联等对比分析，可以排除孔子属于Y C3系的可能性。在属于孔子Y的两个候选单倍群中，排除Y C3之后，从科学上已基本证明了孔子Y类型属于Q1a1。
　　4。 孔仁玉墓志铭发现与蒙古人立假衍圣公疑案再论
　　根据百度百科资料，孔仁玉，孔光嗣之子，孔子四十二代孙。生于后梁太祖乾化二年（912年），卒于后周世宗显德三年（956年），享年45岁。有关孔仁玉的故事是“孔末乱孔”事件。现存最早记载孔末灭孔、杀孔光嗣，并将孔仁玉称作“中兴祖”的史料，大约是元文宗天历二年（ 1329） 孔思晦所作《孔氏宗支图记》。
　　所谓“孔末乱孔”指：后梁乾化三年（公元913年），孔府杂役孔末眼见天下大乱，时局动荡，起了谋逆夺位的野心，遂伙同暴徒将生活在曲阜的阙里孔氏一一杀害，最后，孔末又到泗水杀了孔光嗣，夺其家产，取代其位，主孔子祀，俨然以孔子嫡裔自居。孔光嗣的独生子孔仁玉此时刚满九月，被其母亲张氏抱回张羊村娘家，被张氏的双亲张温和乐氏藏匿起来，幸免于难。后唐明宗长兴元年（公元930年），鲁人将孔末假冒嫡裔，窃取官爵之事告之于官府，“曲阜令孔末非圣人之后，光嗣有子名仁玉，现育于外婆张氏家中”。后唐明宗得知此事后，派人前往曲阜详加调查，确认属实，于是下令处死孔末，命孔仁玉任曲阜县主薄，主孔子祀。孔子家族经历大难后，终于在孔仁玉这一代而中兴，孔氏后人因此尊称孔仁玉为中兴祖。
　　孔仁玉墓位于孔子墓东北。2008 年孔仁玉墓志铭被发现，真相才大白天下。根据该墓志铭，并未发现后来传播的“孔末乱孔”事件线索。（见《鲁国郡“孔府君”墓志铭》）墓志铭文曰：
　　公讳仁玉，字无违，即文宣王四十三代嫡孙也。生萃嘉祥，长隆劲节。年九岁，值泗水君即世，乃传家为陵庙主，终，制授曲阜主簿，二年而就，转县令兼袭封文宣公。 ……又经慕容作叛，公罹其灾：貔貅、大馗，孤城若粉，揖让而出。 何忧何惧？ 公身长七尺，见者奇之。周高祖幸陵庙，侍对，数刻即赐绯兼赐银器、杂彩、茶等，方俟他拜，天王晏驾，相次守当州都督府长史，未解其任。 悲歌！ 哲人夏五月二十九日薨，享年四十五。 ……宋乾德二年岁次甲子九月甲戍朔二十三日丙申建。
　　从以上内容来看，对孔末乱孔之事只字未提，或许子虚乌有。但铭中提到“又经慕容作叛，公罹其灾：貔貅、大馗，孤城若粉，揖让而出。 何忧何惧？ ”与史籍鲜卑人慕容彦超乱兖州相符。 证明孔仁玉在当时确曾经处于死生之地，孔家或曾经历过磨难。据网上有人传播，族谱记载的孔仁玉后代多为C3，这也是有些人强辩严实所言C3共祖最早到唐代是根据家谱记载而言原因。那么现在的问题是这些曲阜孔C3共祖是不是真的是孔仁玉？还是另有其人，而谎称为孔仁玉？
　　
　　因为“孔末乱孔”出自元朝孔思晦所作《孔氏宗支图记》，如果并不存在“孔末乱孔”事件，孔思晦为什么又要编造这一事件？据网上流传，蒙古人想利用孔家为其统治汉人服务，但孔子后人拒受蒙古人册封，蒙古人随找一个蒙古人冒充孔子后裔立假衍圣公。一个可能较为合理的假设：蒙古人决定篡夺孔府衍圣公血统的时候，可能发生过一场大屠杀，屠杀孔仁玉后代的是蒙古人孔思晦！他很可能把知道孔氏宗支的人都给杀光了。这样就篡夺了孔仁玉的内孔分支，篡夺了衍圣公血统。他为了掩人耳目，根据慕容彦超乱兖州事件而杜撰了“孔末乱孔”事件，并篡改了《孔氏宗支图记》，这样就没有人知道了他的来历。这样从孔思晦开始的衍圣公可能都是蒙古人后裔，华夏儒家文化也被篡改了，这样就能理解从孔思晦开始之后的历代“衍圣公”行为，为何与北宋以前孔子后裔行为大相径庭了。比如，孔思晦儿子，五十五代孔克坚，受元顺帝封，爱嫖妓还不给钱。六十五代孔胤植，带头降清。
　　至于后来南迁的所谓孔仁玉分支，很可能只是孔府杂役后裔。浙江衢州所谓孔仁玉后代以O3为主，这与曲阜孔姓O3推测主要是孔家杂役一致。如果判断C3出自孔思晦一支，那么曲阜孔姓C3共祖年代要比唐代再晚三四百年，当在元朝时期。严实是给出了曲阜孔姓C3不超过唐代的言论，将来更精细的年龄计算或许能进一步揭示真相。另外济宁市郊区有张姓Q1a1 STR值也与曲阜孔姓Q1a1接近。那么曲阜孔家与张家到底又存在何关系，这也是另外的一个有趣话题。孔思晦编的“孔末乱孔”事情可能是虚构，但有某些事件做材料。
　　有人说孔家家谱只是到唐代，这是很无知的谬论。实际上，孔家家谱几乎堪称中国第一家谱，时间将近3000年。曲阜孔庙的历史可以追溯到孔子逝世的第二年，即周敬王四十二年（鲁哀公十七年，西元前478年）。宗庙规格按照周代礼制规定：“天子七庙，诸侯五庙，大夫三庙，士一庙，庶人无庙。”士与大夫的庙设定在其住宅东侧，与住宅同为一大门之内。孔子在鲁国从政时，最高任过“大司寇”，但在其周游列国回国之后，一直未重新从政，所以论其身份，仍为“布衣”。后人为其立庙，实际上有所不同于常礼。因宅立庙，是因为故宅最能使人触景生情。最初的立庙是为了追慕悼念孔子，将孔子生前所穿过的衣物、乘过的车、用过的琴等遗物收集于孔子生前故居内，做以纪念。此时的孔庙布局尚无记载，只能按常理推测为庙屋三间。此后汉、魏晋、南北朝、隋唐、北宋时期都有扩建孔庙。金兵南侵，孔府“庙宇与书籍俱为灰烬”。但金国上层有远见者深知，欲立足中原，必须依靠儒家思想。金国统一北方后，进一步认识到崇儒之重要性，也开始维修孔庙。蒙古人与金人有同样的认识，也续建维修孔庙。曲阜孔庙在明代基本形成了其最终的规模。
　　
　　（曲阜孔庙）
　　从孔子去世后，在近2500年时间里，孔子后裔大多数还是居住在曲阜孔庙。孔家历朝历代受到了官方的厚待，繁衍子孙众多，虽然中间有一些兵乱，以及假设蒙古人篡夺孔家血统杀了一批，但未必就能把1000多年时间繁衍的孔子后裔全部杀完。而曲阜孔姓Q1a1共祖年代与孔子时间接近，这实际上从基因上做了科学证明。关于孔子家谱，还有一个问题需要澄清的问题，即是不是“单传”问题。这个问题实际是个误解，孔子去世后，孔子的子孙就居住在曲阜。所谓“单传”，是因为北宋之前的孔氏家谱，只是以抄本传世，记载世袭奉祀的宗子名字，且每代仅录一人。这造成了某些人孔子“单传”误解。到北宋元丰八年（1085年），官居朝议大夫的孔子四十六代孙孔宗翰深感个别抄本易于散失，而且每代仅录一人，使家族中许多贤达之士未能载入史册，年代久远后必被湮没，决定广收资料，创修孔氏族谱，这是孔氏宗族的第一部族谱，将本族嫡系及支庶一并收入，正式镂版印刷。无论是嫡系还是支庶，都源出于孔子，理论上当属于同一一个Y类型。现在侯伟光论文显示曲阜孔姓出现两个候选Y类型，证明曲阜孔家血统（重点可能是衍圣公血统），确实非常有可能发生过变化。
　　下图是一个满族人ID发的帖子，从文化角度认同孔子为祖，与中国人从文化角度认同炎黄子孙是相似的，也无可厚非。
　　
　　但如果非要较真孔子到底属于何Y类型，这属于科学范畴，还是要实事求是的。有些人，甚至如23鬼方机构，都迫不及待地要把孔子Y类型说成是C3，这不是科学的态度。正如下面这位ID发言，“为什么那么着急的把孔子跟C3锁定”？
　　
　　5。 孔子Y属于Q1a1与埃及夏朝论证明是相辅相成的
　　“为什么那么着急的把孔子跟C3锁定”？因为孔子是殷商贵族后裔，商周是华夏文明代表。有的人急于把C3与孔子锁定，也可能是源于北方系民族系急于想抢夺华夏话语权的心理有关，也是与某些人想搞Y种族主义和Y歧视心理有关，这与！O3华夏论”的行为和心理动机是完全一样的。但是目前的证据，很显然是排除了孔子属于C3和O3的可能性。
　　笔者已经从文化历史学角度证明古埃及就是夏朝，商的先祖契是古埃及第一王朝时期的一位高官。在古王国末期，大约公元前2300年前后，商家族开始向东方迁徙。笔者还提出猜想商族是从喜马拉雅南路走西南路线进入中国境内的。从分子人类学角度，笔者根据大量数据和证据，分析苏美尔和古埃及人都属于黄种人，且与Y Q系族群存在紧密联系。孔子Y类型属于Q1a1的科学证据与笔者从文化历史学范畴证明的埃夏一体论是相互验证，也是相辅相成的。今天的汉族人以致全体中国人，就是在历史时期，“华夏族”与周边“戎狄蛮夷”长期融合而来。